普通菌毛（ordinary pili）长0.2~2wm，直径3~8nm，数量多，遍布菌细胞表面。这类菌毛是细菌的黏附结构，能与宿主细胞表面的特异性受体结合，是细菌感染的第一步，因此，菌毛与细菌的致病性密切相关。菌毛的受体通常为糖蛋白或糖脂，与菌毛结合的特异性决定了宿主的易感部位。同样，如果红细胞表面具有菌毛受体的相似成分，不同的菌毛就会引起不同类型的红细胞凝集，借此鉴定菌毛。例如大肠埃希菌的I型菌毛可黏附于肠道和尿道黏膜上皮细胞表面，也能凝集豚鼠红细胞，但可被D-甘露糖所抑制，称为甘露糖敏感血凝。

有些细菌的普通菌毛是由质粒编码的，而另一些细菌的普通菌毛则由染色体控制。例如，肠产毒素型大肠埃希菌（enterotoxigenic E. coli, ETEG）的定植因子是一种特殊类型的菌毛（colonization factor antigen,CFA/I,CFA/I），黏附于小肠黏膜细胞，编码定植因子和肠毒素的基因均位于接合性质粒上， 是该菌重要的毒力因子。霍乱弧菌、肠致病型大肠埃希菌（enteropathogenic E. coli, EPEC）和淋病奈瑟菌的菌毛为I型菌毛，由染色体控制，在所致的肠道或泌尿生殖道感染中起到关键作用。有菌毛的菌株可抵抗肠蠕动或尿液的冲洗作用而有利于定居，一旦丧失菌毛，其致病力亦随之消失。在草兰氏阳性球菌中，A群链球菌的菌毛与 M蛋白和 LTA结合在一起，介导该菌与宿主黏膜上皮细胞的黏附。

F⁺ -> F^-
无性菌毛者称为 F^- 菌

性菌毛（sex pili）比普通菌毛长而粗，呈中空管状，数量少，一个菌细胞只有1～4根。性菌毛由一种称致育因子（fertility factor, F factor） 的质粒编码，故性菌毛又称F菌毛。带有性菌毛的细菌称为F+ 菌，无性菌毛者称为F菌。F+ 菌的性菌毛可与F-菌细胞表面的性菌毛受体（如外膜蛋白A）结合，介导F+ 菌体内的质粒或部分染色体基因通过性菌毛传递给『-菌，该过程称为接合（conjugation）。细菌编码性菌毛、毒力、耐药性等性状可通过此方式传递。此外，性菌毛也是某些噬菌体吸附于细菌表面的受体。